موزه عصر آهن، که به آن همچنین سایت موزه عصر آهن نیز گفته می‌شود، در واقع یک محوطه باستانی در قسمت شمالی مسجد کبود است. در این موزه گورستان و آثار سفالی کشف شده از دوران عصر آهن به شکلی حفاظت شده از سال 1385 به عنوان اولین موزه صحرایی ایران در معرض دید واقع شده است. از جمله آثار جالبی که در این موزه به چشم می‌خورد 38 گور با روش دفن جنینی هستند. گورهای مربوط به نوزادها به شکل ساده و گورهای مربوط به نوجوانان به شکل مربعی به همراه دو ظرف سفالی هستند. نکته‌ی جالبی که در این موزه می‌بینیم این است که اکثر اجساد در سنین پایین درگذشته‌اند. کودکان با اسباب‌بازی‌ها، و زن‌ها با جواهرات، و مردها نیز با ابزار جنگی‌شان دفن شده‌اند. در کنار برخی از اجساد ظروف سفالی و اثرات غذا نیز یافته شده است که نشان از آیین مهرپرستی آن‌هاست. همچنین هرچقدر ظرف بیشتری در کنار مرده دفن شده باشد، نشان از ثروتمندتر بودن آن فرد است.
کشف موزه عصر آهن
این گورستان یا موزه شگفت‌انگیز طی یک حادثه اتفاقی کشف شده است! در سال 1376 و در جریان ساخت یک مرکز تجاری در جوار مسجد کبود، به هنگام خاک برداری این اجساد نمایان می‌شوند، و سپس باستان‌شناسان شروع به کند و کاو و کاوش می‌کنند. علت اینکه این موزه در واقع سایت نامیده می‌شود همین است، یعنی تمام کشفیات، آماده‌سازی‌ها، کاوش‌ها، و مرمت موزه بدون انتقال اجساد و آثار انجام شده است و وقتی وارد موزه می‌شوید همه چیز دقیقاً همان جایی است که از بیش از 4000 سال پیش باقی مانده است. تمام آثار به دوره‌های قاجار، زندیه، صفویه، تیموری و ایلخانی متعلق هستند و حفاری و کشف کامل این گورستان‌ها و آثار سه سال به طور انجامیده است.
طرز سنگ چینی به دور اجساد نمادی بر دیواره رحم است، که با توجه به دفن اجساد به حالت جنینی یا چمباته‌ای، که جهت بدن و صورت اجساد باهم تفاوت دارد، بازهم نشانی دیگر بر آیین مهرپرستی آن‌ها و باور بر زندگی (تولدی) دوباره است. نکته جالب دیگر اینکه تمام اجساد رو به خورشید دفن شده‌اند، بطوریکه سمت بدن اجساد قبل از ظهر به سمت شرق و بعد از ظهر به سمت غرب قرار گرفته است، و صورت تمام آن‌ها رو به شمال قرار گرفته است.
شاید به دلیل طرز قرارگیری اجساد، تاریکی مکان، محفظه‌های شیشه‌ای برای نگهداری و همچنین تهویه مناسب و مواد شیمیایی مورد استفاده برای کاهش رطوبت و نگهداری از اجساد، و شاید به دلیل اینکه عمده اشیای دیده شده در این موزه در واقع جسد انسان‌های باستانی هستند، این گورستان گاهاً برای برخی ترسناک و خوف آور تلقی می‌شود. ضمناً ظرفیت بازدید از این موزه غار مانند با پل‌های چوبی، حداکثر 15 نفر همزمان است.
دسترسی و آدرس سایت موزه
سایت موزه عصر آهن در قسمت شمالی مسجد کبود واقع شده است و برای دسترسی به آن از دو مسیر کلی می‌توانید استفاده کنید. مسیر اول استفاده خیابان امام (خطوط اتوبوسرانی BRT یا ماشین شخصی) برای دسترسی به بازار کبود (جنب مسجد کبود و پارک خاقانی) است. از طریق طبقه زیرزمین انتهای بازار کبود (که یک پاساژ است) دری برای ورود به موزه تعبیه شده است. یا می‌توانید از خیابان خاقانی (نرسیده به مسجد کبود از طرف میدان ساعت) وارد خیابان روشنایی شوید که احتمالاً جای پارکی نیز برای ماشین خود پیدا خواهید کرد.